不按时发工资扣所得税不合理。
《公司法》规定公司应按时支付工资，扣所得税需依法进行。不按时发本已违法，再扣税更显失公。
不及时发工资可能影响员工生活，再额外扣税会加剧员工不满，影响公司声誉。
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处理方式如下：
1. 协商：首先与公司沟通，要求按时发工资，避免扣所得税，达成一致则解决。
2. 投诉：协商无果，向劳动监察部门投诉公司不按时发工资行为。
3. 仲裁：若投诉未解决问题，可申请劳动仲裁，由仲裁委员会裁决。
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常见处理方式有协商、投诉、仲裁三种。
协商不成可向劳动监察部门投诉，或提起劳动仲裁。选择时需考量效率与成本。