子女教育专项扣除的开始时间应填2021年9月，结束时间填2025年6月。分析：根据税法规定，子女教育专项扣除针对的是子女接受全日制学历教育和学前教育的相关支出。您的孩子在2021年9月进入大三学习，属于全日制学历教育阶段，因此专项扣除的开始时间应为该月。而2025年6月他们毕业并开始工作，教育阶段结束，所以结束时间填此月。提醒：如果填写后税务部门提出疑问或审核不通过，表明可能存在问题，应及时咨询税务人员或专业法律顾问。
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具体操作：1.如实填写：在个人所得税申报表中，子女教育专项扣除的开始时间栏填写“2021年9月”，结束时间栏填写“2025年6月”。确保填写内容与子女实际接受教育的时间一致。2.附加材料准备：如有必要，可准备子女的入学通知书、学生证等证明材料，以备税务部门审核时提供。3.咨询专业人士：若对填写内容存在疑问，或税务部门提出审核要求，应及时咨询税务人员或专业法律顾问，确保申报的准确性和合规性。同时，关注税务部门发布的最新政策和指南，确保及时了解并遵守相关规定。
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处理方式：从法律角度看，填写子女教育专项扣除时，需准确反映子女接受教育的实际情况。处理方式主要有两种：一是依据子女的实际入学和毕业时间如实填写；二是咨询税务部门或专业法律顾问，确保填写无误。选择建议：如果清楚子女的具体入学和毕业时间，且对税法规定有一定了解，可直接如实填写。若存在疑问或不确定，建议咨询专业人士以确保准确性。